Paul SAVARY

Professeur contractuel
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Paul SAVARY

Je suis enseignant-chercheur en écologie et modélisation spatiale à l'Université de Franche-Comté. Mes recherches portent principalement sur le mouvement des espèces au sein de réseaux écologiques. Elles se focalisent sur la dispersion et les flux génétiques, processus éco-évolutifs affectant la diversité spécifique des communautés et la structure génétique des populations.

Je vise à améliorer notre compréhension de ces relations et à développer des outils d’aide à l’élaboration des stratégies de conservation de la biodiversité. La modélisation spatiale, la théorie des graphes et les simulations démo-génétiques sont des outils centraux dans mes recherches. Je contribue également à l’amélioration des méthodes d’inférence utilisées en écologie, et notamment celles qui sont basées sur la statistique spatiale.

Mes recherches trouvent des applications dans les écosystèmes urbains, que j’étudie en mobilisant des données empiriques issues des sciences participatives.

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  • Docteur en biologie des populations et écologie de l'Université de Bourgogne Franche-Comté (doctorat effectué de 2017 à 2021)
  • Ingénieur en Gestion des Milieux Naturels, AgroParisTech (formation d'ingénieur suivie de 2013 à 2017)
  • Etudiant de master en échange Erasmus à l'Université de Wageningen, Pays-Bas (2015)
  • DEUG de biologie de l'Université de Bordeaux 1, au sein du Cycle Préparatoire de Bordeaux (2011-2013)
  • Depuis 2024 - Enseignant-chercheur en écologie et modélisation spatiale de l'Université de Franche-Comté au sein du laboratoire ThéMA, Besançon, France
  • 2024 - Chercheur post-doctoral du Fonds de Recherche du Québec Nature et Technologie - Hébergé par le Département de Biologie de l'Université Concordia, Montréal, QC, Canada
  • 2022-2024 - Chercheur post-doctoral du Département de Biologie de l'Université Concordia (Bourse Horizon), Montréal, QC, Canada
  • 2021-2022 - Chercheur post-doctoral dans le cadre du projet REFUGE - Université de Bourgogne Franche-Comté (UMR ThéMA, Besançon ; UMR Biogéosciences, Dijon). Financement ARP-Astrance (Paris), France
  • 2017-2021 - Doctorant, Université de Bourgogne Franche-Comté (UMR ThéMA, Besançon ; UMR Biogéosciences, Dijon) - ARP-Astrance (Paris), Financement CIFRE, France
  • 2017 - Chercheur stagiaire (stage de fin d'études) à l'INRAE au sein de l'UMR BAGAP, Rennes, France
  • 2016 - Ingénieur stagiaire de l'Asociacion de Ciencias Ambientales, Madrid, Espagne
  • 2015 - Ingénieur stagiaire du Parc National Puyehue, Chili
  • Bourse post-doctorale du Fonds de Recherche du Québec - Nature et Technologie (FRQ-NT) (2024)
  • Bourse d'excellence du Centre pour la Science de la Biodiversité au Québec (2023)
  • Bourse post-doctorale Horizon de l'Université Concordia, Montréal, QC, Canada (2022-2024)
  • Représentant des doctorant.e.s au Conseil du laboratoire ThéMA (2019-2021)
  • Membre de l'équipe de recherche rassemblée autour du logiciel Graphab et formateur à son utilisation (Formations CNRS-Entreprise)
  • Développement du package R 'graph4lg' dédié à l'analyse de graphes en écologie du paysage et génétique des populations
  • Membre du Centre du Québec pour la Science de la Biodiversité (CSBQ), de la Societé Française d’Écologie et d’Évolution, de l'International Biogeography Society
  • Communications de vulgarisation scientifique (Cafés Géo, Webinaires organisés par ARP-Astrance, Université Populaire de Montréal, presse écrite)
  • Evaluateur d'articles pour des journaux relus par les pairs (Molecular Ecology, Molecular Ecology Resources, Landscape Ecology, Global Change Biology, Ecological Monographs, Journal of Animal Ecology, Landscape & Urban Planning, etc.)
  • Evaluateur de projets soumis à l’ANR
  • Travail d'expertise pour la Fondation pour la Recherche sur la Biodiversité (FRB)
  • Participation à des ateliers de promotion de la science ouverte à l’Université Concordia

- Connectivité écologique des habitats

- Génétique du paysage

- Ecologie des communautés

- Conservation de la biodiversité

- Ecologie urbaine

- Statistique spatiale

Méthodes et outils de modélisation de la connectivité des habitats

  • Savary, P., Clauzel, C., Foltête, J. C., Vuidel, G., Girardet, X., Bourgeois, M., Martin, F.M., Ropars, L. & Garnier, S. (2024). Multiple habitat graphs: how connectivity brings forth landscape ecological processes. Landscape Ecology, 39(9), 168. https://doi.org/10.1007/s10980-024-01947-4
  • Savary, P., Foltête, J.C., Moal, H., Vuidel, G. & Garnier, S. 2021. graph4lg: a package for constructing and analysing graphs for landscape genetics in R. Methods in Ecology and Evolution. 12, 539-547. https://doi.org/10.1111/2041-210X.13530

Ecologie urbaine

  • MacPherson, Caizergues, Savary, Xu, Messer, Akbar, Fortin, Holt, Hoi, Mideo, Ness, Peres-Neto, Santangelo & Johnson. Six predictions from evolutionary theory for urban environments. In review
  • Savary, P., Tannier, C., Foltête, J. C., Bourgeois, M., Vuidel, G., Khimoun, A., ... & Garnier, S. (2024). How does dispersal shape the genetic patterns of animal populations in European cities? A simulation approach. Peer Community Journal, 4. https://doi.org/10.24072/pcjournal.407
  • Savary, P. 2022. Formes urbaines, connectivité des habitats et diversité génétique des aires urbaines européennes. Rapport du projet de recherche REFUGE. Université Bourgogne Franche-Comté, ARP-Astrance, Besançon, France, 69 p. https://hal.science/hal-03936492/

Ecologie des communautés

  • Khattar, G., Savary, P. & Peres-Neto, P.R. (2024). The biotic and abiotic contexts of ecological selection mediate the dominance of distinct dispersal strategies in competitive metacommunities. Phil.Trans.R.Soc.B. 37920230132. https://doi.org/10.1098/rstb.2023.0132
  • Savary, P., Lessard, J.P. & Peres-Neto, P. R. (2024). Heterogeneous dispersal networks to improve biodiversity science. Trends in Ecology & Evolution. 39(3), 229-238. https://doi.org/10.1016/j.tree.2023.10.002

Génétique du paysage

  • Daniel, A., Savary, P., Foltête, J. C., Vuidel, G., Faivre, B., Garnier, S., & Khimoun, A. (2024). What can optimized cost distances based on genetic distances offer? A simulation study on the use and misuse of ResistanceGA. Molecular Ecology Resources, e14024. https://doi.org/10.1111/1755-0998.14024
  • Daniel, A.* , Savary, P.* , Foltête, J.C., Khimoun, A., Faivre, B., Ollivier, A., Éraud, C., Moal, H., Vuidel, G., & Garnier, S. 2023. Validating graph-based connectivity models with independent presence-absence and genetic data sets. Conservation Biology. (*: contributions égales) https://doi.org/10.1111/cobi.14047
  • Savary, P., Foltête, J.C., Moal, H., Vuidel, G. & Garnier, S. 2021. Analysing landscape effects on dispersal networks and gene flow with genetic graphs. Molecular Ecology Resources. https://doi.org/10.1111/1755-0998.13333

Pour une liste exhaustive des travaux :

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Research Gate

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I am Assistant Professor in ecology and spatial modelling at Université de Franche-Comté. My research is mainly about species movements in spatial ecological networks. I particularly focus on dispersal and gene flow, two eco-evolutionary processes shaping the species diversity of communities and genetic structure of populations at landscape scale.

I aim to improve our understanding of pattern-process relationships in ecology and evolution, and to develop tools for strategic decision making toward biodiversity conservation. Spatial modelling, graph theory, and demo-genetic simulations are central to my research methods. I also work on statistical methods used in ecology and evolution for capturing the spatial signal emerging from the configuration of habitat networks.

My research finds application in urban ecosystems. I study their biodiversity and the imprint let by human-driven land use dynamics on it, using citizen science data and global land cover datasets.

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  • Ph.D. in population biology and ecology at Université de Bourgogne Franche-Comté (doctoral thesis from 2017 to 2021)
  • Engineer in Management of Natural Areas (Master degree equivalent), AgroParisTech (training from 2013 to 2017)
  • Master student as part of an Erasmus exchange at Wagening University, Netherlands (2015)
  • Undergraduate student in biology at Université de Bordeaux 1 (2011-2013)
  • Since 2024 - Assistant professor in ecology and spatial modelling at Université de Franche-Comté in the ThéMA lab, Besançon, France
  • 2024 - Post-doctoral researcher funded by Fonds de Recherche du Québec Nature et Technologie - Hosted by the Department of Biology of Concordia University, Montréal, QC, Canada
  • 2022-2024 - Post-doctoral researcher in the Department of Biology of Concordia University (Horizon Post-Doctoral Fellowship), Montréal, QC, Canada
  • 2021-2022 - Post-doctoral researcher, REFUGE project - Université de Bourgogne Franche-Comté (UMR ThéMA, Besançon ; UMR Biogéosciences, Dijon). Funded by ARP-Astrance (Paris), France
  • 2017-2021 - Ph.D. candidate, Université de Bourgogne Franche-Comté (UMR ThéMA, Besançon ; UMR Biogéosciences, Dijon) - ARP-Astrance (Paris), CIFRE funding, France
  • 2017 - Intern researcher at INRAE, UMR BAGAP, Rennes, France
  • 2016 - Intern engineer at Asociacion de Ciencias Ambientales, Madrid, Espagne
  • 2015 - Intern engineer at Puyehue National Park, Chile
  • Post-Doctoral Fellowship of Fonds de Recherche du Québec - Nature et Technologie (FRQ-NT) (2024)
  • Excellence award of Quebec Centre for Biodiversity Science (2023)
  • Horizon Post-Doctoral Fellowship of Concordia University, Montreal, QC, Canada (2022-2024)
  • Ph.D. candidates' representative at the Council of ThéMA lab (2019-2021)
  • Member of the Graphab team and instructor in the professional training for the use of this software program (Formations CNRS-Entreprise)
  • Development of the 'graph4lg' R package, dedicated to graph-based analyses in landscape ecology and population genetics
  • Member of the Quebec Centre for Biodiversity Science (QCBS), Societé Française d’Écologie et d’Évolution, and of the International Biogeography Society
  • Scientific divulgation: Cafés Géo, webinars organised by ARP-Astrance, Université Populaire de Montréal, newspaper articles)
  • Reviewer for peer-reviewed journals (Molecular Ecology, Molecular Ecology Resources, Landscape Ecology, Global Change Biology, Ecological Monographs, Journal of Animal Ecology, Landscape & Urban Planning, etc.)
  • Expert for the Fondation pour la Recherche sur la Biodiversité (FRB)
  • Participation in workshops for promoting open science at Concordia University

- Habitat ecological connectivity

- Landscape genetics

- Community ecology

- Urban ecology

- Spatial statistics

Methods and software tools for modelling for habitat connectivity

  • Savary, P., Clauzel, C., Foltête, J. C., Vuidel, G., Girardet, X., Bourgeois, M., Martin, F.M., Ropars, L. & Garnier, S. (2024). Multiple habitat graphs: how connectivity brings forth landscape ecological processes. Landscape Ecology, 39(9), 168. https://doi.org/10.1007/s10980-024-01947-4
  • Savary, P., Foltête, J.C., Moal, H., Vuidel, G. & Garnier, S. 2021. graph4lg: a package for constructing and analysing graphs for landscape genetics in R. Methods in Ecology and Evolution. 12, 539-547. https://doi.org/10.1111/2041-210X.13530

Urban ecology

  • Savary, P., Tannier, C., Foltête, J. C., Bourgeois, M., Vuidel, G., Khimoun, A., ... & Garnier, S. (2024). How does dispersal shape the genetic patterns of animal populations in European cities? A simulation approach. Peer Community Journal, 4. https://doi.org/10.24072/pcjournal.407

Community ecology

  • Khattar, G., Savary, P. & Peres-Neto, P.R. (2024). The biotic and abiotic contexts of ecological selection mediate the dominance of distinct dispersal strategies in competitive metacommunities. Phil.Trans.R.Soc.B. 37920230132. https://doi.org/10.1098/rstb.2023.0132
  • Savary, P., Lessard, J.P. & Peres-Neto, P. R. (2024). Heterogeneous dispersal networks to improve biodiversity science. Trends in Ecology & Evolution. 39(3), 229-238. https://doi.org/10.1016/j.tree.2023.10.002

Landscape genetics

  • Daniel, A., Savary, P., Foltête, J. C., Vuidel, G., Faivre, B., Garnier, S., & Khimoun, A. (2024). What can optimized cost distances based on genetic distances offer? A simulation study on the use and misuse of ResistanceGA. Molecular Ecology Resources, e14024. https://doi.org/10.1111/1755-0998.14024
  • Daniel, A.* , Savary, P.* , Foltête, J.C., Khimoun, A., Faivre, B., Ollivier, A., Éraud, C., Moal, H., Vuidel, G., & Garnier, S. 2023. Validating graph-based connectivity models with independent presence-absence and genetic data sets. Conservation Biology. (*: contributions égales) https://doi.org/10.1111/cobi.14047
  • Savary, P., Foltête, J.C., Moal, H., Vuidel, G. & Garnier, S. 2021. Analysing landscape effects on dispersal networks and gene flow with genetic graphs. Molecular Ecology Resources. https://doi.org/10.1111/1755-0998.13333

For an exhaustive list of my works:

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