La soutenance aura lieu le 7 décembre 2021 à 14h30 au Grand Salon de l'UFR SLHS, 32 rue Mégevand à Besançon.
Cette thèse encadrée par Jean-Christophe Foltête (ThéMA) et Stéphane Garnier (Biogéosciences) a été réalisée dans le cadre d'une convention CIFRE portée par l'entreprise ARP-Astrance.
Composition du jury
Stéphanie Manel, Directrice d’études, EPHE, UMR CEFE, Montpellier, Rapporteure
Eric Petit, Directeur de recherche, INRAE, UMR ESE, Rennes, Rapporteur
Laurence Després, Professeure des universités, Université Grenoble Alpes, UMR LECA, Grenoble, Examinatrice
Laurent Bergès, Ingénieur-chercheur, INRAE, UR LESSEM, Saint-Martin-d’Hères, Examinateur
Jean-Christophe Foltête, Professeur des universités, Université Bourgogne Franche-Comté, UMR ThéMA, Besançon, Directeur de thèse
Stéphane Garnier, Maître de conférences, Université Bourgogne Franche-Comté, UMR Biogéosciences, Dijon, Co-directeur de thèse
Hervé Moal, ARP-Astrance, Paris, Membre invité
Résumé
La connectivité écologique des habitats est nécessaire aux processus écologiques assurant le maintien de la biodiversité. Des méthodes ont donc été développées pour la modéliser afin de comprendre précisément son influence et d’orienter les mesures de conservation de la biodiversité. Parmi ces méthodes, les graphes paysagers modélisent un réseau d’habitat sous la forme d’un ensemble de taches d’habitat (nœuds) reliées par des chemins de dispersion potentiels (liens). La validité écologique de ces outils nécessitait néanmoins d’être évaluée à l’aide de données reflétant les réponses biologiques des populations à la connectivité de leurs habitats. Les données génétiques permettent cette validation car la structure génétique des populations dépend notamment des flux génétiques entre leurs taches d’habitat. La structure génétique peut également être modélisée par un graphe génétique dont les nœuds correspondent à des populations et dont les liens sont pondérés par le degré de différenciation génétique entre populations. L’objectif de cette thèse était d’utiliser conjointement des graphes génétiques et paysagers pour (i) évaluer la validité écologique des graphes paysagers et (ii) améliorer notre compréhension de la relation entre connectivité et structure génétique. Après avoir identifié les méthodes de construction et d’analyse des graphes génétiques les plus adaptées à chaque contexte et développé un outil informatique permettant l’utilisation conjointe des graphes génétiques et paysagers, nous les avons comparés dans le cadre de deux études empiriques. Elles ont permis (i) d’évaluer l’influence respective des différentes composantes de la connectivité des habitats sur la diversité et la différenciation génétiques et (ii) de confirmer la validité écologique des graphes paysagers. Nous avons ensuite montré que l’intégration de variables associées à la fois aux nœuds et aux liens de ces deux types de graphes améliorait l’estimation de l’influence des éléments du paysage sur la connectivité. Les méthodes développées dans cette thèse pourraient trouver d’autres applications dans ce champ d’étude comme dans d’autres. Nous espérons que les résultats de cette thèse et l’outil informatique développé y contribueront.
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